Né en juin 652, il fut ecarté du trône à la mort de son père Sigebert III en 656, par le maire du palais Grimoald, qui voulait faire régner son fils Childebert. Cette tentative fut un échec et Childéric II, fils de Clovis II, assassina Childebert et s'empara du royaume d'Austrasie.
Dagobert II envoyé en exil dans un monastère irlandais pendant quinze ans, revint en 676 après l'assassinat de Childéric II et récupéra son trône.
Il meurt assassiné dans la forêt de Woëvre le 21 décembre 679. Sans descendant, l'Austrasie revient à Thierry III.