Mentionné pour la première fois en 1020, Aguilar est la possession du comte de Fonollède. Légué à la famille de Termes en 1084, il est occupé par les troupes de Simon de Monfort en 1210, lors de la croisade contre les albigeois. Le seigneur Raymond de Termes est capturé et envoyé à Carcassonne où il y meurt. Le château devient totalement inactif jusqu’à la tentative de soulèvement des derniers cathares en 1240, date à laquelle Olivier de Termes, fils de Raymond, en reprend temporairement possession. Il rendra rapidement allégeance au roi Louis IX.
En 1246, le roi y installe une garnison pour surveiller la frontière aragonaise, et restitue, en 1250, le château à Olivier suite à sa croisade en Terre Sainte. En 1260, le seigneur de Termes vend le château au roi de France, ainsi que les villages de Termes, Davejean et Vignevieille.
Dés lors, de grandes améliorations sont apportées, notamment la construction de l’enceinte hexagonale flanquée à chaque angle d’une tour semi-circulaire afin de compenser les facilités que le site donne à l’attaque. En effet, Aguilar et un château de plaine, il est construit sur une colline douce culminant à seulement 321m d’altitude. Il est définitivement abandonné en 1569, lorsque la nouvelle frontière est repoussée plus au sud par le traité des Pyrénées.